我省各级财政部门加大科技自主创新支持力度，不断强化科技对经济发展的支撑作用，全省自主创新能力得以跨越式发展，2009年区域创新能力综合排名跃居全国第一。
据了解，三年来，江苏各级财政大幅度增加科技投入，2009年全省科技支出达117.02亿元，年均增长31.6%，超过同期全省财政一般预算支出近6个百分点，引导全社会科技投入达到1300亿元，其中：研发投入680亿元，占GDP的比重提高到2%，全省高新技术产业实现产值21987亿元，科技进步贡献率为52.3%，区域创新能力综合排名首次跃居全国第一。
为支持重大科技成果向现实生产力转化，从2004年起，省财政设立了省级科技成果转化专项资金。六年来，省财政共安排重大科技成果转化专项资金58.4亿元,立项支持实施重大科技成果转化项目543个，引导企业和社会资金投入近670亿元，平均每个项目获得专项资金支持1076万元,吸引社会投入1.24亿元,是财政资金的10多倍，达到了“以一引十”的效果。这些项目投产后，将实现年新增产值2058亿元，年新增税收217亿元，新增利润280亿元。
支持中央与地方共建重大研发平台。为增强各市创新能力建设，鼓励和吸引中科院的优秀成果、优秀人才落户江苏，省财政累计安排4.5亿元，支持中科院与苏州、无锡、常州、连云港共建纳米研究所、生物医药工程研究所、物联网研发中心、新能源检测平台、能源动力研究所等重大研发机构，为地方经济发展和产业结构调整提供了有效支撑。
加大知识产权保护投入力度。“十一五”以来，省财政不断加大对知识产权事业的投入，到2009年全省财政安排知识产权支出达11378万元，是2006年的近6倍，三年年均增长78.3%。重点加大企业知识产权战略推进和专利受理申请的投入，确保知识产权保护重点工作的开展。在全省各级财政的支持下，2009年，全省专利申请量达17.4万件，继续保持全国第一，其中企业申请专利7.9万件、获得授权4.7万件，均居全国第一。