省财政安排太湖流域水环境综合治理专项资金，按照国家太湖治理总体方案、江苏省太湖治理实施方案确定的太湖治理工作任务，重点支持对太湖水环境质量改善有显著效果的基础性、公益性项目，突出主要污染物控制、重大政策实施、重点地区治理。
每年2月底前，省生态环境厅牵头编制专项资金的年度项目投资指南和年度目标责任书。省生态环境厅会同省财政厅制定年度专项资金分配建议方案，于每年4月底前报省政府批准。市县项目由市县生态环境部门牵头负责申报和审核并组织实施，省级项目根据实施主体情况分别由省生态环境厅和相关行业主管部门进行审核。
省财政安排专项资金，按照国家和省生态环境保护相关政策和规划，重点支持公益性环境污染防治和生态环境保护等重大项目。包括水生态环境保护、大气污染防治、土壤污染防治、固废污染防治、辐射污染防治、生态文明示范建设等。
专项资金支持的项目均应纳入省项目储备库。省项目储备库实行动态化管理，每年 1 月，省生态环境厅会同省财政厅印发本年度项目申报指南，明确支持重点方向和申报要求。省和市县相关部门，按要求组织项目申报。每年 4 月、10 月底前，省生态环境厅分别牵头完成申报项目的集中审核工作，对审核合格的项目纳入省项目储备库。
省财政安排专项资金，用于支持土地综合整治、国土空间生态修复、海洋生态保护修复等列入项目库管理的项目。
省自然资源厅组织项目申报、审核，建立项目库，并对项目库实行滚动管理。采用因素法分配下达的专项资金，由市县自然资源、财政部门在省级项目库中择优确定支持项目。
省财政安排专项资金，重点支持森林资源管护、国土绿化、生态保护体系建设、林业科技创新与推广补助、林业贷款贴息补助、林业优势特色产业发展补助等。
林业科技创新与推广补助由省林业局发布项目申报指南，明确项目申报主体、重点扶持方向，并在各地、各单位申报的基础上，组织专家评审，确定项目立项及资金分配额度。
森林资源管护、森林资源培育、生态保护体系建设、林业贷款贴息补助及林业优势特色产业发展补助采用因素法分配，由各市县林业部门根据任务清单和绩效目标落实到位并报省备案。