国库集中支付电子化是通过电子凭证库，以电子指令进行各项财政资金支付业务及清算业务的办理,实现财政部门、预算单位、代理银行、人民银行系统之间安全、高效、对等衔接，按照财政部统一部署，南京市在去年选择部分预算单位试点的基础上全面推开，市级国库集中支付电子化业务实现全覆盖。
市级国库集中支付电子化系统自2018年1月上线以来，市财政局组建了由财政人员、银行人员和技术人员共同组成的服务团队，以现场指导和网上答疑结合的方式指导服务预算单位财务人员使用新系统，得到单位的认可。
一是满足了提高效率、厉行节约的需要。预算单位财务人员在使用电子支付后，从开始操作到资金到账，经过多岗审核，一般只需要几分钟时间。资金支付从“签字画押”到“电子签章”，从“跑银行”到“点鼠标”，除提现业务外，预算单位财务人员可以足不出户办理业务，提高了行政运行效率。
二是满足了财政资金安全管理的需要。支付电子化管理，是用新的信任体系替代传统的“纸单”管理，在业务上实现链条式管理，把传统模式下分散的控制环节，整合成完整的管理链条，通过“环环相扣、互相牵制、有始有终”的内控机制，让每一笔业务都在“聚光灯”下运行，使违规操作无所遁形；在技术上引入安全支撑控件，对原来的业务管理系统建立防护网，保证未授权的用户“进不来、看不到、改不了”，经过授权的用户“丢不了、拿不错、赖不掉”，实现安全功能质的提升。
同时，市财政计划在区级加快推进此项工作，争取通过两年时间实现区级国库集中支付电子化业务全覆盖。