为适应环保税开征后市级环保专项资金来源和用途发生改变的情况，南京市财政会同市环保部门对《南京市市级环保专项资金管理办法》进行了修订和完善：一是改变资金来源和项目预算安排方式,明确预算编制、项目库建设相关要求，不再“以收定支”，而是根据项目库申报情况编制年度预算、据实保障。二是聚集职能重点，明确专项资金主要用于保障市级环保部门统一履职的需要，重点支持环保能力建设、环保专项工作、示范引导项目和对区环保目标任务考核奖励等五个方面，原则上不再支持污染治理项目。三是优化工作流程，加强分工协作，细化管理职责。简化报批流程，完善资金项目计划调整程序，加强专项资金执行进度管理，同时增加预决算信息公开相关要求。四是突出绩效管理，强化监督管理和责任追究机制，开展项目和资金使用全过程跟踪监督检查，全面开展绩效管理，对违规违纪行为进行严肃问责追责。