为推动全市航空客运市场健康快速发展，2011－2017年，南通市政府先后出台了二轮航空客运补贴机制，通过建立“补助与奖励相结合，发挥主动创造能力与落实经营责任相统一”的机制，引导机场进一步挖掘潜力，实现了从“注重数量”到“量质并进”的转变，促进了机场航空客运持续较快发展。随着原补贴机制执行期满，在对补贴机制进行专项绩效评价的基础上，南通市财政局研究制定了新一轮机场航空客运补贴机制，并于近日获得市政府批准。
新的补贴机制结合机场集团的组建，以机场新航站楼等基础设施投入使用为契机，以提升机场自我发展能力为重点，以提高财政支出绩效水平为目的，通过建立预算控制加绩效奖励的政府补贴机制，引导机场充分挖掘发展潜力，实现可持续发展。补贴机制的主要内容包括：对航空客运补贴实行预算控制，每年预算控制额原则上不超过2亿元，由市财政、机场集团按比例分担，机场分担比例逐步过渡到15%；对航线补贴在不突破年度预算控制额和旅客吞吐量同比增长的基础上，人均航线补贴较上年每下降一个百分点奖励50万元；对在补贴机制执行期限内，客运航线经营模式由保底经营或定额补贴向航空公司自营模式转变的，每实现一条，当年度一次性奖励500万元等。新的补贴机制还对完善新航线开通审核机制，建立工资调控机制，完善经营层业绩考核机制等作了明确。