《意见》提出要建立行业内资金整合与行业间资金统筹相互衔接配合的长效机制，这是充分听取各方意见、深入总结各地涉农资金管理改革经验的基础上提出来的。按照预算法要求和中央对地方转移支付管理的有关规定，专项转移支付的设置和管理都是严格规范的，资金使用应按照管理办法的规定做到专款专用，实现转移支付设置的政策目标。如果不加限制地对各类涉农资金实施整合，打破管理制度的规定，既改变专项转移支付设立的初衷，违背了预算严肃性的要求，也可能出现借整合之名挪用资金等问题。因此，我们提出按照分类施策的原则，对行业内涉农资金和行业间涉农资金采取不同的统筹整合路径。
一是对行业内涉农资金，对相关涉农资金，实施“大专项+任务清单”管理模式，在预算编制环节设置大专项，将资金整合限制在大专项内部，打消部门对资金可能被用于其他方面的顾虑，增强部门宏观指导能力。通过大专项内部任务清单的划定，区分约束性任务和指导性任务，允许地方完成约束性任务后在大专项内部调剂使用资金，增强地方统筹整合能力。
二是对行业间的涉农资金，按照稳中求进工作总基调，立足当前、着眼长远、分步实施。从当前来看，主要是在预算执行环节加大统筹使用力度，充分发挥规划的引领作用，加强性质相同、用途相近的涉农资金统筹使用，促进功能互补、用途衔接的涉农资金集中投入。从长远来看，则要通过总结各地在预算执行环节的统筹整合经验，推动行业间涉农资金在预算编制环节的源头整合，逐步实现同一工作事项按照职责分工由一个行业部门统筹负责。