为加强涉农资金的源头整合，财政部、国家发展改革委会同有关部门对相关涉农资金实行“大专项+任务清单”管理模式，各地可根据实际情况参照实施。大专项是指农业发展领域涉农专项转移支付和基建投资。任务清单是指根据各大专项应当保障的政策内容设置的任务。中央层面在进一步整合归并涉农专项的基础上，合理设置任务清单，具体方式如下：
一是关于任务清单的划分机制。任务清单包括约束性任务和指导性任务，实施差别化管理。约束性任务主要包括党中央、国务院明确要求的涉及国计民生的事项、重大规划任务及新设试点任务，农业生产救灾和对农牧民直接补贴等，其他任务确定为指导性任务。充分赋予地方自主权，允许地方在完成约束性任务的前提下，根据当地行业发展需要，区分轻重缓急，在同一大专项内调剂使用资金。二是关于任务清单的落实机制。各涉农大专项按照因素法、项目法等分配，统筹考虑任务清单各项任务的性质，不断完善涉农资金分配指标体系。以大专项为单位，实现资金和任务清单集中同步下达。省级有关部门要组织完成约束性任务，并在指导性任务中因地制宜自主选择实施任务，进行细化分解，制定资金使用方案和任务完成计划分别报财政部、国家发展改革委和有关部门备案。三是关于任务清单的绩效评价机制。财政部、国家发展改革委会同有关部门根据省级制定的资金使用方案、任务完成计划和绩效目标开展绩效考核，逐步建立以绩效评价结果为导向的涉农资金大专项和任务清单设置机制及资金分配机制。健全完善科学全面的绩效评价指标体系，逐步由单项任务绩效考核向行业综合绩效考核转变。四是关于“大专项+任务清单”的动态调整机制。财政部、国家发展改革委会同有关部门对涉农大专项和任务清单定期开展评估，及时将党中央国务院的新要求、新政策纳入任务清单，根据地方政策需求和工作成效及时将已到期、不合理的政策移出任务清单，逐步建立动态调整机制。